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生物數(shù)據(jù)分析技能培訓(xùn)

核酸信息注釋
NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)：Gene（參考序列）、Unigene（標(biāo)準(zhǔn)參考序列）、Nucleotide（非參考序列）數(shù)據(jù)庫(kù)。
EBI數(shù)據(jù)庫(kù)：HGNC（標(biāo)準(zhǔn)全稱/縮寫識(shí)別、轉(zhuǎn)換）、Expression Atlas（表達(dá)圖譜）子數(shù)據(jù)庫(kù)。

核酸信息注釋
基因結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)：內(nèi)含子剪切位點(diǎn)、可變剪接、啟動(dòng)子序列及分析策略、轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)。

蛋白質(zhì)信息注釋
蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)：UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)。
蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)：String數(shù)據(jù)庫(kù)。
蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)：PDB數(shù)據(jù)庫(kù)。
功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)：GO、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)。

非編碼RNA信息注釋及靶點(diǎn)分析
非編碼RNA注釋、靶點(diǎn)預(yù)測(cè)、驗(yàn)證靶點(diǎn)、功能及疾病關(guān)聯(lián)等數(shù)據(jù)庫(kù)。
1.miRNA：miRBase、TargetScan、miRTarBase、miRPath、miRDB等數(shù)據(jù)庫(kù)。
2.LncRNA：NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb、LncBase等數(shù)據(jù)庫(kù)。
3.CircRNA：circBase、starBase、CircInteractome等數(shù)據(jù)庫(kù)。

表達(dá)數(shù)據(jù)挖掘與聚類分析
利用GEO2R在線工具進(jìn)行GEO數(shù)據(jù)挖掘。
先利用ArrayTools軟件處理從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的表達(dá)數(shù)據(jù)，再利用Cluster/Treeview軟件進(jìn)行聚類分析。
利用UALCAN在線工具進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)挖掘。

基因集共表達(dá)分析
基因集共表達(dá)分析策略。
利用DAVID在線工具進(jìn)行基因集功能富集分析（GO、KEGG Pathway），并利用Excel軟件/Venn在線工具繪制富集圖/維恩圖。
利用bioDBnet在線工具轉(zhuǎn)換基因集ID。
基因集相互作用圖形化分析。

交互作用數(shù)據(jù)可視化分析
利用Cytoscape軟件進(jìn)行關(guān)聯(lián)基因注釋及其交互關(guān)系、分子間相互作用、基因集差異表達(dá)、基因集共表達(dá)的可視化分析。